Genetic Diversity of SARS-CoV-2 in Portugal
National genomic surveillance coordinated by the Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge
Diversidade Genética do SARS-CoV-2 em Portugal
Vigilância genómica nacional coordenada pelo Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge
The Portuguese National Institute of Health [Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA)] coordinates a comprehensive national project to monitor the genetic diversity and spread of SARS-CoV-2 in Portugal through advanced whole-genome sequencing (WGS) analysis.
Methodology
Genome sequences are obtained using next-generation sequencing (NGS) technologies and analyzed through the INSaFLU bioinformatics platform.
Visualization
Interactive dashboards display the temporal evolution of SARS-CoV-2 variant frequencies at national and regional levels.
O Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, I.P. (INSA) coordena um projeto nacional abrangente para monitorizar a diversidade genética e a disseminação do SARS-CoV-2 em Portugal através de análises avançadas de sequenciação completa do genoma (WGS).
Metodologia
As sequências do genoma são obtidas através de tecnologias de sequenciação de nova geração e analisadas através da plataforma bioinformática INSaFLU.
Visualização
Painéis interativos apresentam a evolução temporal das frequências de variantes SARS-CoV-2 a nível nacional e regional.
SARS-CoV-2 Variants Surveillance Dashboard
Painel de Vigilância de Variantes SARS-CoV-2
Advanced genomic surveillance through interactive data visualization
Vigilância genómica avançada através de visualização interativa de dados
- Controlos: Utilize os controlos acima para selecionar o tipo de dados e modo de visualização.
- Informações detalhadas: Passe o cursor sobre as barras para consultar informações detalhadas sobre cada semana.
- Seleção temporal: No gráfico de barras, clique numa barra ou arraste para selecionar um período de tempo.
- Proporções: O gráfico circular mostra a proporção de variantes no período selecionado.
- Destacar variantes: Na legenda, clique no nome de uma variante para destacá-la ao longo do tempo.
- Reiniciar: Clique duas vezes fora dos gráficos para voltar à visualização inicial.
- Controls: Use the controls above to select data type and visualization mode.
- Detailed information: Hover over bars to see detailed information for each week.
- Time selection: In the bar chart, click on a bar or drag to select a time period.
- Proportions: The pie chart shows variant proportions in the selected period.
- Highlight variants: In the legend, click on a variant name to highlight it over time.
- Reset: Double-click outside the charts to reset to default view.
Summary Statistics Estatísticas Resumo
(full period) Mais Frequente
(período completo) -
(last 4 weeks) Mais Frequente
(últimas 4 semanas) -
Related Resources
Additional platforms providing SARS-CoV-2 surveillance data for Portugal
NextStrain
covSpectrum
GISAID
CoVariants
Recursos Relacionados
Plataformas adicionais com dados de vigilância SARS-CoV-2 para Portugal
Research Teams
Collaborative network conducting genomic surveillance of SARS-CoV-2 in Portugal
Equipas de Investigação
Rede colaborativa na vigilância genómica do SARS-CoV-2 em Portugal
Scientific Publications
Research outcomes from the SARS-CoV-2 genomic surveillance program
- Borges et al, 2020, Emerging Microbes and Infections DOI
- Alm et al, 2020, Eurosurveillance DOI
- Correia et al, 2020, Pediatr Infect Dis J DOI
- Borges et al, 2022, Commun Med DOI
- O'Toole et al, 2021, Wellcome open research DOI
- Borges et al, 2021, Viruses DOI
- Borges et al, 2021, mSphere DOI
- Borges et al, 2021, Eurosurveillance DOI
- Funk et al, 2021, Eurosurveillance DOI
- Kislaya et al, 2021, Emerging Infectious Diseases DOI
Publicações Científicas
Resultados de investigação do programa de vigilância genómica SARS-CoV-2
- Borges et al, 2020, Emerging Microbes and Infections DOI
- Alm et al, 2020, Eurosurveillance DOI
- Correia et al, 2020, Pediatr Infect Dis J DOI
- Borges et al, 2022, Commun Med DOI
- O'Toole et al, 2021, Wellcome open research DOI
- Borges et al, 2021, Viruses DOI
- Borges et al, 2021, mSphere DOI
- Borges et al, 2021, Eurosurveillance DOI
- Funk et al, 2021, Eurosurveillance DOI
- Kislaya et al, 2021, Emerging Infectious Diseases DOI